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南京市中醫院（南京中醫藥大學附屬南京中醫院、南京市中醫藥研究所）成立于1956年，現有2個院區：大明路院區、夫子廟院區；3個分院（緊密型醫聯體）：浦口分院（南京市浦口區中醫院）、高淳分院（南京市高淳中醫院）、濱海分院（鹽城市濱海縣中醫院）。現占地面積92畝，建筑面積31.1萬㎡，編制床位1500張，現在職職工1915人，其中衛技人員1718人，高級職稱517人，碩博士476人。
南京市中醫院是新中國成立最早的中醫醫院之一，醫院科室設置完善，發展到現在已是一所中醫特色明顯，集醫療、教學、科研、預防保健、康復和急救功能為一體的、具有中國傳統文化特色的花園式、現代化大型三級甲等中醫醫院。是全國肛腸醫療中心、國家級區域診療中心，現有國家級重點學科1個（中醫肛腸病學），國家級重點專科7個；江蘇省重點學科1個（中醫腦病學），江蘇省重點專科8個；南京市重點專科16個。醫院有全國中醫師承指導老師5人，省、市級名中醫、名中西醫結合專家70人；設有國家級名中醫工作室5個、省級名中醫工作室6個、市級名中醫工作室27個、國家及省級名中醫工作室基層工作站4個、市級名中醫工作室基層工作站24個。設立院士工作站、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創新實踐基地、南京市中醫藥現代化與大數據研究中心、南京市中醫藥轉化醫學基地、南京市普外科臨床醫學中心、南京市醫學重點實驗室、南京市臨床生物資源樣本庫等。
醫院擁有院內自制制劑122種。擁有國家級非物質文化遺產代表性項目：丁氏痔科醫術；江蘇省非物質文化遺產項目：“洪氏眼科”“金陵中醫推拿術”；與多名國醫大師、國醫名師達成合作協議；融入“一帶一路”戰略部署，與美國、比利時等多所大學開展院校間科研、教學、人才培養全面合作；與白俄羅斯莫吉廖夫市中心醫院合作設立“中國—白俄羅斯（莫吉廖夫市）傳統醫學中心”，提供中醫診療服務，傳播中醫文化；在全國率先創立多專業一體化診療平臺，并作為典范向全國推廣建設經驗。
2021年，醫院榮登中華中醫藥學會“2021年度中醫醫院學科（專科）學術影響力”中醫肛腸病學全國排行榜第二名；肛腸科、腦病科被評為“2021屆中國中醫醫院最佳臨床型專科”。獲批1個省級臨床醫學中心—“江蘇省中醫肛腸疾病臨床醫學創新中心”，獲批2個市級臨床研究中心—南京市中西醫結合疫病研究中心、南京市中西醫結合心血管病研究中心。
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